Mustafa Kemal, 1887’de başladığı ilköğrenimine bir süre annesinin arzusuna uyarak Hafız Mehmet Efendi’nin Mahalle Mektebinde devam etti. Fakat çok geçmeden babasının isteği ile Selanik’te çağdaş eğitim yapan Şemsi Efendi Mektebine geçti ve ilkokulu burada bitirdi. Mustafa Kemal, bu okulda okurken babası öldü. Ali Rıza Efendi’nin ölümü üzerine Zübeyde Hanım üç çocuğu ile bir süre Selanik yakınlarındaki Langaza’da bulunan Rapla çiftliğinde kâhyalık yapan kardeşi Hüseyin Efendi’nin yanına yerleşti. Çiftlik hayatı nedeniyle Mustafa’nın öğrenimi bir süre aksamıştı. Fakat çok geçmeden Selanik’e dönerek teyzesinin yanında, öğrenimine bıraktığı yerden devam etti.
Mustafa Kemal, Şemsi Efendi İlkokulundan sonra bir süre Selanik Mülkiye Rüştiyesine devam etti. Bu okulda okurken annesinden gizli Selanik Askerî Rüştiyesinin sınavlarına girdi ve kazandı. Mustafa, askerî okulu gerçekten sevmişti. Arkadaşları arasında zekâsı ve üstün yetenekleri ile kısa zamanda kendisini gösterdi ve öğretmenlerinin sevgisini kazandı. Bu okulda matematik öğretmenliği yapan Yüzbaşı Mustafa Efendi, yetenekleri ve zekâsı karşısında hayran kaldığı genç öğrencisinin adına “Kemal” ismini ilave etti. Artık genç öğrenci Mustafa Kemal olmuştu.
Mustafa Kemal, Selanik Askerî Rüştiyesini bitirdikten sonra 1896’da Manastır Askerî İdadisine girdi. Burada Ömer Naci ile arkadaşlık etti. İlerde ünlü bir hatip olarak tanınacak olan bu kişi, Mustafa Kemal’in hitabet ve edebiyat sevgisinde önemli rol oynadı. Yakın arkadaşlarından biri olacak Ali Fethi (Okyar) de bu okulda öğrenci idi. Genç Mustafa Kemal, askerî öğreniminin yanı sıra yabancı dil öğrenimini de ihmal etmiyor; yazları izinli olarak Selanik’e döndüğü zaman Fransızca dersleri alıyordu.
Genç Mustafa Kemal, Manastır Askerî İdadisini de başarı ile bitirerek 1899’da İstanbul’da Harp Okuluna girdi. Üç senelik başarılı bir Harbiye öğreniminden sonra1902’de bu okulu teğmen rütbesiyle bitirdi ve öğrenimine İstanbul’da Harp Akademisi’nde devam etti. 11 Ocak 1905 tarihinde de kurmay yüzbaşı rütbesiyle Harp Akademisinden mezun oldu.